Hungarian
Albanian
Arabic
Armenian
Azerbaijani
Belarusian
Bengali
Bosnian
Catalan
Czech
Danish
Deutsch
Dutch
English
Estonian
Finnish
Français
Greek
Haitian Creole
Hebrew
Hindi
Hungarian
Icelandic
Indonesian
Irish
Italian
Japanese
Korean
Latvian
Lithuanian
Macedonian
Mongolian
Norwegian
Persian
Polish
Portuguese
Romanian
Russian
Serbian
Slovak
Slovenian
Spanish
Swahili
Swedish
Turkish
Ukrainian
Vietnamese
Български
中文(简体)
中文(繁體)
PLoS ONE 2016

Genome Assembly of the Fungus Cochliobolus miyabeanus, and Transcriptome Analysis during Early Stages of Infection on American Wildrice (Zizania palustris L.).

Csak regisztrált felhasználók fordíthatnak cikkeket
Belépés Regisztrálás
A hivatkozás a vágólapra kerül
Claudia V Castell-Miller
Juan J Gutierrez-Gonzalez
Zheng Jin Tu
Kathryn E Bushley
Matthieu Hainaut
Bernard Henrissat
Deborah A Samac

Kulcsszavak

Absztrakt

The fungus Cochliobolus miyabeanus causes severe leaf spot disease on rice (Oryza sativa) and two North American specialty crops, American wildrice (Zizania palustris) and switchgrass (Panicum virgatum). Despite the importance of C. miyabeanus as a disease-causing agent in wildrice, little is known about either the mechanisms of pathogenicity or host defense responses. To start bridging these gaps, the genome of C. miyabeanus strain TG12bL2 was shotgun sequenced using Illumina technology. The genome assembly consists of 31.79 Mbp in 2,378 scaffolds with an N50 = 74,921. It contains 11,000 predicted genes of which 94.5% were annotated. Approximately 10% of total gene number is expected to be secreted. The C. miyabeanus genome is rich in carbohydrate active enzymes, and harbors 187 small secreted peptides (SSPs) and some fungal effector homologs. Detoxification systems were represented by a variety of enzymes that could offer protection against plant defense compounds. The non-ribosomal peptide synthetases and polyketide synthases (PKS) present were common to other Cochliobolus species. Additionally, the fungal transcriptome was analyzed at 48 hours after inoculation in planta. A total of 10,674 genes were found to be expressed, some of which are known to be involved in pathogenicity or response to host defenses including hydrophobins, cutinase, cell wall degrading enzymes, enzymes related to reactive oxygen species scavenging, PKS, detoxification systems, SSPs, and a known fungal effector. This work will facilitate future research on C. miyabeanus pathogen-associated molecular patterns and effectors, and in the identification of their corresponding wildrice defense mechanisms.

Csatlakozzon
facebook oldalunkhoz

A legteljesebb gyógynövény-adatbázis, amelyet a tudomány támogat

  • Működik 55 nyelven
  • A tudomány által támogatott gyógynövényes kúrák
  • Gyógynövények felismerése kép alapján
  • Interaktív GPS térkép - jelölje meg a gyógynövényeket a helyszínen (hamarosan)
  • Olvassa el a keresésével kapcsolatos tudományos publikációkat
  • Keresse meg a gyógynövényeket hatásuk szerint
  • Szervezze meg érdeklődését, és naprakész legyen a hírkutatással, a klinikai vizsgálatokkal és a szabadalmakkal

Írjon be egy tünetet vagy betegséget, és olvassa el azokat a gyógynövényeket, amelyek segíthetnek, beírhat egy gyógynövényt, és megtekintheti azokat a betegségeket és tüneteket, amelyek ellen használják.
* Minden információ publikált tudományos kutatáson alapul

Google Play badgeApp Store badge