Vietnamese
Albanian
Arabic
Armenian
Azerbaijani
Belarusian
Bengali
Bosnian
Catalan
Czech
Danish
Deutsch
Dutch
English
Estonian
Finnish
Français
Greek
Haitian Creole
Hebrew
Hindi
Hungarian
Icelandic
Indonesian
Irish
Italian
Japanese
Korean
Latvian
Lithuanian
Macedonian
Mongolian
Norwegian
Persian
Polish
Portuguese
Romanian
Russian
Serbian
Slovak
Slovenian
Spanish
Swahili
Swedish
Turkish
Ukrainian
Vietnamese
Български
中文(简体)
中文(繁體)
Biotechnology for Biofuels 2013-Sep

Structural characterization of copia-type retrotransposons leads to insights into the marker development in a biofuel crop, Jatropha curcas L.

Chỉ người dùng đã đăng ký mới có thể dịch các bài báo
Đăng nhập Đăng ký
Liên kết được lưu vào khay nhớ tạm
Atefeh Alipour
Suguru Tsuchimoto
Hiroe Sakai
Nobuko Ohmido
Kiichi Fukui

Từ khóa

trừu tượng

BACKGROUND

Recently, Jatropha curcas L. has attracted worldwide attention for its potential as a source of biodiesel. However, most DNA markers have demonstrated high levels of genetic similarity among and within jatropha populations around the globe. Despite promising features of copia-type retrotransposons as ideal genetic tools for gene tagging, mutagenesis, and marker-assisted selection, they have not been characterized in the jatropha genome yet. Here, we examined the diversity, evolution, and genome-wide organization of copia-type retrotransposons in the Asian, African, and Mesoamerican accessions of jatropha, then introduced a retrotransposon-based marker for this biofuel crop.

RESULTS

In total, 157 PCR fragments that were amplified using the degenerate primers for the reverse transcriptase (RT) domain of copia-type retroelements were sequenced and aligned to construct the neighbor-joining tree. Phylogenetic analysis demonstrated that isolated copia RT sequences were classified into ten families, which were then grouped into three lineages. An in-depth study of the jatropha genome for the RT sequences of each family led to the characterization of full consensus sequences of the jatropha copia-type families. Estimated copy numbers of target sequences were largely different among families, as was presence of genes within 5 kb flanking regions for each family. Five copia-type families were as appealing candidates for the development of DNA marker systems. A candidate marker from family Jc7 was particularly capable of detecting genetic variation among different jatropha accessions. Fluorescence in situ hybridization (FISH) to metaphase chromosomes reveals that copia-type retrotransposons are scattered across chromosomes mainly located in the distal part regions.

CONCLUSIONS

This is the first report on genome-wide analysis and the cytogenetic mapping of copia-type retrotransposons of jatropha, leading to the discovery of families bearing high potential as DNA markers. Distinct dynamics of individual copia-type families, feasibility of a retrotransposon-based insertion polymorphism marker system in examining genetic variability, and approaches for the development of breeding strategies in jatropha using copia-type retrotransposons are discussed.

Tham gia trang
facebook của chúng tôi

Cơ sở dữ liệu đầy đủ nhất về dược liệu được hỗ trợ bởi khoa học

  • Hoạt động bằng 55 ngôn ngữ
  • Phương pháp chữa bệnh bằng thảo dược được hỗ trợ bởi khoa học
  • Nhận dạng các loại thảo mộc bằng hình ảnh
  • Bản đồ GPS tương tác - gắn thẻ các loại thảo mộc vào vị trí (sắp ra mắt)
  • Đọc các ấn phẩm khoa học liên quan đến tìm kiếm của bạn
  • Tìm kiếm dược liệu theo tác dụng của chúng
  • Sắp xếp sở thích của bạn và cập nhật các nghiên cứu tin tức, thử nghiệm lâm sàng và bằng sáng chế

Nhập một triệu chứng hoặc một căn bệnh và đọc về các loại thảo mộc có thể hữu ích, nhập một loại thảo mộc và xem các bệnh và triệu chứng mà nó được sử dụng để chống lại.
* Tất cả thông tin dựa trên nghiên cứu khoa học đã được công bố

Google Play badgeApp Store badge